Alors qu'il s'entraîne pour la Ligue d'Unys, Sacha est interrompu par la Team Rocket qui s'empare de Meloetta, un Pokémon fabuleux doté d'un pouvoir unique ! Aidé de ses amis, le jeune Dresseur va devoir prendre en chasse les ravisseurs afin de sauver Meloetta, mais également la région d'Unys tout entière !