Mary, une petite orpheline solitaire, part vivre chez son oncle dans un manoir au fin fond de l'Angleterre. Apprenant l'existence d'un jardin où personne n'a pu pénétrer depuis de longues années, Mary décide de percer son secret et se met à sa recherche. Trouvant un beau jour une petite clé sur le sol, Mary parvient enfin à ouvrir les grilles du jardin secret. A l'aide d'un petit garçon qui connaît la nature comme personne, la petite fille transforme ce jardin abandonné en un magnifique royaume de fleurs.