Le Third-i s'associe aux forces d'autodéfense pour lancer l'opération Exodus, laquelle doit permettre de libérer les otages détenus par les terroristes dans la Tokyo Neo Tower. Mais comme par le passé, Haruka se retrouve rapidement en danger et plusieurs fuites d'information laissent craindre la présence d'un nouvel espion au sein des services de renseignement japonais...